1999年、地球へと接近する太陽系第10番惑星の存在が確認された。東京郊外のとある町に住む中学生の少年・雨森始は、学校から帰宅した際に自宅の電子鉄工所で起こった爆発事故で両親を失ってしまう。自身も爆発に巻き込まれ、入院先の病院で謎の女性と出会う。数日後、伯父が所長を務める筑波山天文台を訪れると、そこには病院で出会った謎の女性がいた。彼女の名前は雪野弥生で、伯父の助手だという。爆発事故と前後して、始の周りで怪事件が起こり始める。そこにちらつく謎の組織・1000年盗賊の影。やがて始は地球に近づく謎の惑星がラーメタルという名の星であること、弥生の正体がそのラーメタルから派遣され、永い間人知れず地球を導いてきた1000年女王であることを知る。そして運命の時「1999年9月9日零時9分9秒」が、刻一刻と迫りつつあった。